《全国动物防疫体系建设规划（2004—2008年）》实施五年来，对建立健全水生动物防疫体系，推进水生动物防疫工作开展起到了积极促进作用，水生动物防疫工作取得显著经济效益。近年来主要养殖品种发病率和死亡率明显下降，2007年鱼、虾、贝、藻四大类水产品发病率分别比2003年下降了8、5、6和10个百分点，四大类水产品死亡率分别比2003年下降了1、4、6和8个百分点。
　　据了解，《规划》实施前，我国水生动物防疫工作仅停留在病害防治层面，水生动物防疫体系建设相当薄弱，特别是基层县级疫病防治站建设基本空白，水生动物防疫工作尚无“体系”可言。为此，《规划》布局了490个重点县级水生动物防疫站、2个省级监控中心、3个重点实验室和1个水生动物病原库。目前，县级水生动物防疫站已完成投资378个，2009年计划投资81个，累计达到459个，占规划目标的95%，覆盖了35%的全国重点渔业县；省级监控中心完成投资1个；3个重点实验室和1个水生动物病原库已全部完成投资。通过配置必要的水生动物疫病检测仪器和采样设备，县级水生动物疫病防治站诊断水平由过去主要凭经验判断逐步提升到实验室一、二级水平。监测过程普遍实现了样品采集标准化、病原判断实验室化、疫病处置及时化。通过开展防疫工作，防疫队伍已初具规模，水生动物疫情监测逐步走上正轨。水生动物病原库项目的建设和运转，达到了国家生物安全二级实验室水平，已收集水生动物病原微生物1000余种，细胞系18个，为科学认定重大水生动物疫病、分析疫病颁异和开展重大水生动物疫病预防、控制与扑灭提供了有力支持和保障。
　　目前，农业部渔业局组织编制了《全国水生动物防疫体系建设二期规划》，提出通过水生动物疫病监测预警、预防控制、检疫监督、防疫技术支撑等手段建设，建立和完善适应我国国情的水生动物防疫体系，实现法定水生动物疫病全年监测，重大水生动物疫病基本得到控制，每年减少水产养殖病害损失约20亿元。